The Twin Snakes lần đầu tiên được công bố vào năm 2003 bởi hãng Nintendo của Mỹ, khẳng định rằng Silicon Knights đang trong quá trình phát triển dưới sự hướng dẫn của cha đẻ Metal Gear Hideo Kojima và cha đẻ Mario Shigeru Miyamoto.[4] Mặc dù The Twin Snakes phần lớn đều được phát triển tại Silicon Knights. Ryuhei Kitamura đã đạo diễn nhiều cảnh quay trong khi Silicon Knights đưa chúng vào game[5] để trông giống với những khúc phim trong bản Metal Gear Solid gốc, thế nhưng qua một lần kiểm tra Hideo Kojima đã yêu cầu Kitamura chỉnh sửa chúng theo đúng phong cách hành động nổi tiếng của ông.[6] Nhiệm vụ thành phần của trò chơi được chia thành: một số đoạn nhạc trong game được xử lý bởi Steve Henifin và đội ngũ soạn nhạc của Silicon Knights, trong khi phần nhạc còn lại (giao diện trong game và đoạn phim cắt cảnh) do đội ngũ âm nhạc của Konami thực hiện, bao gồm cả đồng soạn nhạc Metal Gear Solid 2 Norihiko Hibino.

Lồng tiếng

Phần lồng tiếng đã được thu âm lại với dàn diễn viên ban đầu từ Metal Gear Solid, ngoại trừ vai của Gray Fox. David Hayter, lồng tiếng cho Solid Snake, đã thuyết phục Konami phải đưa đội ngũ lồng tiếng cũ lập lại vai diễn của họ.[7] Lý do chính của việc tái ghi âm, theo một cuộc phỏng vấn với Hayter, là vì chất lượng âm thanh được nâng cao mà GameCube thu nhận để chọn lấy tiếng ồn bên ngoài từ các bản ghi âm gốc khó mà nghe được trong phiên bản PlayStation. Trong bản game gốc, Gray Fox và Donald Anderson đều được lồng tiếng bởi Greg Eagles. Tuy nhiên, trong The Twin Snakes, Greg Eagles chỉ lồng tiếng có mỗi Anderson, trong lúc Gray Fox thì do Rob Paulsen lồng tiếng. Phần lồng tiếng được tu chỉnh từng được sử dụng trong Metal Gear Solid 4 theo sự hồi tưởng về quá khứ của Snake khi phần giọng nói bằng tiếng Anh được sử dụng trong bản game gốc đã không được ghi lại trong một phòng thu âm.[7][8][9] Ngoài ra, cả Mei Ling và Naomi Hunter đều nói tiếng Anh giọng Mỹ trong The Twin Snakes và Metal Gear Solid 4, trong khi ở bản Metal Gear Solid gốc, họ nói bằng giọng Trung Quốc và Anh.